所謂營利事業，係指公營、私營或公私合營，以營利為目的，具備營業牌號或場所之獨資、合夥、公司及其他組織方式之工、商、農、林、漁、牧、礦、冶等營利事業，凡在我國境內經營之營利事業依法須課徵營利事業所得稅。
總機構在我國境內之營利事業（含外商在臺子公司），應就我國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。但其來自我國境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得由納稅義務人提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵。扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。
總機構在我國境外之在臺營利事業（例如：外商在臺分公司），而有我國來源所得者，應就其在我國境內之營利事業所得，依所得稅法規定課徵營利事業所得稅。
公司組織應採用權責發生制之會計基礎；非公司組織得經核准採用現金收付制。營利事業收入、成本、費用及損失之認列，稅法與財務會計準則規定不一致時，應依稅法規定帳外調整。
依所得稅法第4條、第4條之1、第4條之2及第42條規定，與營利事業攸關之免稅所得臚列如下：
營利事業經營本業及附屬業務相關之費用與損失，經取具適當合法憑證者，得認列為營利事業之費用及損失。易言之，不符稅法規定之費用或損失，不得列為課稅所得之減項。例如：超過稅法規定限額之超限部分、費用憑證與稅法規定不符者等，均應予以帳外調整，不得列為當期費用或損失。
固定資產之折舊方法，以採用平均法、定率遞減法、年數合計法、生產數量法、工作時間法或其他經主管機關核定之折舊方法為準；資產種類繁多者，得分類綜合計算之。
各種固定資產耐用年數，依固定資產耐用年數表之規定。但為防止水污染或空氣污染所增置之設備，其耐用年數得縮短為2年。
應收帳款及應收票據債權之估價，應以其扣除預計備抵呆帳後之數額為標準。依所得稅法規定，其備抵呆帳，應就應收帳款與應收票據餘額1% 限度內，酌量估列；其為金融業者，應就其債權餘額按上述限度估列之。
營利事業依法得列報實際發生呆帳之比率超過前項標準者，得在其以前3個年度依法得列報實際發生呆帳之比率平均數限度內估列之。
應收帳款、應收票據及各項欠款債權有下列情事之一者，得視為實際發生呆帳損失：
前項債權於列入損失後收回者，應就其收回之數額列為收回年度之收益。
以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織（包含外國公司在我國之分公司）之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用所得稅法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。
最低稅負制係為使適用租稅減免而繳納較低稅負甚至不用繳稅的公司，都能繳納最基本稅款的一種稅制。目的在於使有能力納稅者，對國家財政均有基本的貢獻度，以維護租稅公平，確保國家稅收。
最低稅負制－所得基本稅額條例於2006年1月1日起生效適用，該條例之稅基為「基本所得額」，至少需繳納之最低稅負係按基本所得額減除扣除額後，乘上稅率之金額，稱之為「基本稅額」。營利事業若未享受租稅減免，可以不必申報繳納最低稅負；另外，符合「所得基本稅額條例」第3條第1項規定之營利事業亦排除適用最低稅負制。營利事業之基本稅額計算如下：
2023(含)年度以後：基本稅額＝【﹝依所得稅法規定計算之課稅所得＋所得基本稅額條例第7條第1項規定加計之各項減免所得﹞－60萬元】× 12%
另自2013年度起，對長期持有優惠，就營利事業出售持有滿3年以上股票之交易所得，於減除當年度出售持有滿3年以上股票之交易損失後之餘額，按半數計入當年度證券交易所得。
2018年度以後，營利事業所得稅起徵額及稅率如下：
| 課稅所得額級距 | 稅率 |
|---|---|
| 120,000元以下 | 免稅 |
| 超過120,000元 | 就其全部課稅所得額課徵20%，但其應納稅額不得超過課稅所得額超過12萬元部分之半數 |
（營利事業全年課稅所得額未逾50萬元者，採分年調整，2018年度稅率為18%、2019年度稅率為19%，2020年度以後始按20%稅率課徵，但其應納稅額不得超過營利事業課稅所得額超過12萬元部分之半數。）
計算範例（2018年度）
| 課稅所得 | 金額（新臺幣） |
|---|---|
| 營業收入淨額 | 100,000,000 |
| 減：營業成本 | ( 40,000,000 ) |
| 營業毛利 | 60,000,000 |
| 減：營業費用及損失 | ( 35,000,000 ) |
| 營業淨利 | 25,000,000 |
| 非營業收入 | 2,000,000 |
| 減：非營業費用及損失 | ( 3,000,000 ) |
| 全年所得額 | 24,000,000 |
| 減：前10年核定虧損本年度扣除額 | ( 3,000,000 ) |
| 減：免稅所得 | ( 4,000,000 ) |
| 減：證券、期貨交易所得 | ( 2,000,000 ) |
| 加：不可扣除之費用 | 1,000,000 |
| 課稅所得 | 16,000,000 |
| 稅率 | 20% |
| 應納稅額 | 3,200,000 |
| 減：扣繳稅款 | ( 200,000 ) |
| 減：暫繳稅款 | ( 1,500,000 ) |
| 應補繳稅額 | 1,500,000 |
房屋土地交易所得稅制自2016年1月1日起實施，並於2021年修正；同年7月開始施行，最新修正規定簡要說明如下：
下列交易所得，應按新制課稅：
自2011年度起，總機構在中華民國境內經營海運業務之營利事業，符合一定要件，經中央目的事業主管機關核定者，其海運業務收入得選擇按船舶淨噸位計算營利事業所得額；海運業務收入以外之收入，其所得額之計算依所得稅法相關規定辦理。
營利事業經營海運業務收入經選擇依船舶淨噸位計算營利事業所得額者，一經選定，應連續適用10年，不得變更；適用期間如有不符合所訂一定要件，經中央目的事業主管機關廢止核定者，自不符合一定要件之年度起連續5年，不得再選擇依前述規定辦理。
財政部業於2011年8月4日訂定發布「營利事業適用所得稅法第二十四條之四計算營利事業所得額實施辦法」，規範噸位稅制適用要件、適用船舶、海運業務收入範圍、所得額之計算、申請期限及程序。營利事業申請適用噸位稅，應依該辦法規定向交通部申請核定並取得相關證明後，檢附相關文件，向所在地稅捐稽徵機關辦理申報。
一般會計年度依所得稅法規定，係自當年度1月1日到12月31日止。營利事業在設立登記時可申請採用特殊期間之會計年度。營利事業亦可於之後報經該管稽徵機關核准變更其會計年度。
營利事業應備妥相關文件辦理營利事業所得稅暫繳申報及年度結算申報；此外，總機構在中華民國境內之營利事業，尚須就上一年度未分配盈餘辦理申報，其申報程序列示如下：
鑑於許多國家都已訂定移轉訂價相關措施以規範關係人交易，我國亦依所得稅法第80條規定（調查核定之相關規定）訂定發佈營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則（以下簡稱移轉訂價查核準則） ，作為稅務機關查核關係人交易間，是否有不合常規之交易發生之依據。我國移轉訂價查核準則採用了許多先進國家之移轉訂價相關措施及經濟合作暨發展組織（OECD）所採用之方法。有關移轉訂價之相關規定如下：
依所得稅法第43條之1，營利事業與國內外其他營利事業具有從屬關係，或直接間接為另一事業所有或控制，其相互間有關收益、成本、費用與損益之攤計，如有以不合營業常規之安排，規避或減少納稅義務者，稽徵機關為正確計算該事業之所得額，得報經財政部核准按營業常規予以調整。財政部分別於2004年12月28日、2015年3月6日、2017年11月13日及2020年12月28日訂定及修正移轉訂價查核準則，針對關係人間不合常規交易之評估分析、調查、審核及移轉訂價文據予以規範。
係指營利事業相互間有從屬或控制關係者，所稱營利事業與國內外其他營利事業具有從屬關係，或直接間接為另一事業所有或控制，係指營利事業相互間有下列情形之一者：
除上列所述情形之外，若個人、機關及團體等有特定情形者，亦被視為關係人。例如，若營利事業捐贈予基金會之相關資產超過該基金會平衡表基金總額1/3者，則該營利事業與基金會被視為關係人。此外，該營利事業之董事長、總經理或與其相當或更高層級職位之人之2等親以內親屬，皆屬該營利事業之關係人。
營利事業符合規定標準者，於辦理所得稅結算申報或決算時，應依規定格式揭露關係人及關係人交易資料；其為跨國企業集團之成員者，應於辦理所得稅結算申報時，併同揭露該集團指定送交集團主檔報告之境內成員、最終母公司、集團指定送交國別報告之境內成員、代理最終母公司送交國別報告之成員等相關資料。營利事業之負責人及主辦會計應於前述報表中簽章，確定已完整揭露相關資訊。
從事受控交易之營利事業，於辦理交易年度之所得稅結算申報或決算時，應備妥移轉訂價報告。
受控交易之金額在財政部規定標準以下者，得以其他可證明其訂價符合常規之文據資料取代移轉訂價報告。
跨國企業集團在我國境內有營利事業成員者，於辦理所得稅結算申報時，應備妥集團主檔報告，並於會計年度終了後1年內將集團主檔報告及國別報告送交所在地稽徵機關。
營利事業為跨國企業集團之成員，其收入總額、跨境受控交易金額或其他相關事項未達財政部規定標準者，得免送交集團主檔報告；營利事業所屬跨國企業集團前一年度合併收入總額未達財政部規定標準者，得免送交國別報告。
稽徵機關依移轉訂價查核準則規定進行調查時，營利事業應於稽徵機關書面調查函送達之日起1個月內提示移轉訂價報告或前述之其他替代文據；其因特殊情形，不能於規定期間內提示者，應於期間屆滿前申請延期，延長之期間最長不得超過1個月，並以1次為限。
營利事業與其關係人進行交易，符合規定條件者，得由該營利事業依規定，向該管稽徵機關申請預先訂價協議，議定其常規交易結果；營利事業亦可先向稽徵機關申請預備會議，經審查同意後再提出預先訂價協議申請
前揭預先訂價協議之適用期間，以申請年度起3年至5年為限；但申請交易之存續期間較短者，以該期間為準。若申請人已確實遵守預先訂價協議之各項條款者，得於適用期間屆滿前，檢附足資證明影響預先訂價協定內容之相關事實與環境未發生實質變化之資料，向該管稽徵機關申請延長適用期間，經該管稽徵機關審核同意者，得再簽署預先訂價協議。但延長之期間，不得超過5年。
申請人應於適用預先訂價協議各該課稅年度之結算申報期間內，向該管稽徵機關提出執行預先訂價協議之年度報告，並依規定保存規定之文件及報告。
自2011年度起，營利事業對關係人之負債占業主權益超過一定比率者，超過部分之利息支出不得列為費用或損失。而營利事業於辦理結算申報時，應將對關係人之負債占業主權益比率及相關資訊，於結算申報書揭露。
銀行、信用合作社、金融控股公司、票券金融公司、保險公司及證券商，不適用前述之規定。
財政部業於2011年6月22日訂定發布「營利事業對關係人負債之利息支出不得列為費用或損失查核辦法」，明定營利事業直接或間接對關係人之負債，其負債占業主權益之比率超過該辦法規定之3：1標準，其超過部分利息支出不得列為費用或損失之認定基準及計算公式。
跨國企業常藉租稅庇護所設立受控外國企業(CFC)，透過盈餘保留不分配予股東，規避課稅。為打擊該項侵略性租稅規劃，健全反避稅制度，參考OECD稅基侵蝕及利潤移轉行動計畫之行動計畫3，擬具所得稅法第43條之3有關營利事業受控外國企業規定，業於2016年7月27日經總統公布，其施行日期授權行政院定之。行政院於2022年1月14日核定自2023年度施行。
所得稅法第43條之3規定，當臺灣公司及其關係人持有境外低稅負地區之外國企業股份達50％以上或對其具有實質控制時，將被視為受控外國企業。受控外國企業當年度盈餘應依規定計入臺灣公司所得額課稅，不論其是否分配。
部分實際管理處所(PEM)在臺灣之跨國企業，藉設立登記於租稅庇護所，以規避成為臺灣企業及屬人主義課稅義務。為打擊該項侵略性租稅規劃，於2016年間參考OECD、聯合國(UN)稅約範本和海峽兩岸避免雙重課稅及加強稅務合作協議，擬具所得稅法第43條之4有關實際管理處所規定，業於2016年7月27日經總統公布，其施行日期授權行政院定之。
所得稅法第43條之4規定，實際管理處所在臺灣之外國公司將被視為臺灣公司，就境內外所得合併課稅，並得申請適用租稅協定之減免稅優惠。
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